2016年，原七大军区合并为五大战区。
分别是南部战区、北部战区、西部战区、东部战区和中部战区。
因此各军总医院也发生了天翻地覆变化。
1.原沈阳军区总医院与解放军第202医院、沈阳军区沈北医院合并成为北部战区总医院。
2018年11月2日，是沈阳军区总医院建院70周年纪念日，同时，也是北部战区总医院正式组建踏上新征程的历史起点。
北部战区总医院始建于1948年，是一所由野战医院发展成集医、教、研、保于一体的现代化综合性军队医院，是国家首批三级甲等医院。解放军第二0二医院1942年组建于安徽省定远县，前身为新四军二师医疗所，参加过苏中战役、涟水战役、孟良崮战役、淮海战役、济南战役和渡江战役，经受了抗日战争、解放战争、抗美援朝战争的洗礼，1956年迁至沈阳。
2.北京军区总医院在2016年改称为陆军总医院，转属于陆军。2018年又转属于解放军总医院，成为解放军总医院第七医学中心。
1913年创建，坐落于北京市中心，是一所大型三级甲等综合医院。医院占地面积 23.2 万平方米，分东、西两院，东院位于北京市东三环麦子店，西院位于北京市东四繁华商业区。医院拥有悠久的历史、先进的医疗设备、以及一批技术力量雄厚的专科中心，已经治愈了许多患者，受到了社会各界的好评。2016年更名为“陆军总医院”。2016年5月5日，原北京军区总医院举行揭牌仪式，更名为陆军总医院，后又更名为中国人民解放军总医院第七医学中心。
3.济南军区总医院与解放军第四五六医院、解放军第八十八医院、解放军第一四八医院合并，改称为解放军联勤保障部第960医院。
2018年11月4日，位于济南市天桥区的济南军区总医院正式更名为解放军第九六〇医院。解放军第九六〇医院由济南军区总医院、解放军456医院、解放军88医院、解放军148医院共同组建而成。
4.南京军区南京总医院则与原第八十一医院，含八十六临床部）、原第八十二医院，含一四九临床部）、原第三五九医院）组建成东部战区总医院。
中国人民解放军东部战区总医院始建于1929年，前身为国民政府中央医院，是一所历史悠久、医教研协调发展的大型现代化综合性医院。2018年11月，原南京军区总医院更名为东部战区总医院。
5.南京军区福州总医院改称为解放军联勤保障部900医院，由院本部、第二住院部、莆田95临床部、宁德442临床部、福州476临床部组成。
中国人民解放军联勤保障部队第九〇〇医院，建于1949年8月，是一家具有光荣历史的医院。经过半个多世纪的建设和发展，已成为学科齐全，技术力量雄厚，设备先进，诊疗环境优良，集预防、医疗、保健、教学、科研为一体的大型综合性“三级甲等医院”。医院是国家卫生部国际紧急救援网络医院、福建省120医疗急救网络医院、省交通事故救治定点单位以及省、市医保首批定点医疗机构。器官移植是医院的主要特征，已先后展开肾脏、肝脏、肝-胰-肾、肝-肾、胰-肾、心脏、心肺、肺脏、角膜、骨髓等移植，手术的品种、数量和质量居国内抢先程度，成为国内重要的大型器官移植中心之一。
6.广州军区广州总医院改称为南部战区总医院。
中国人民解放军南部战区总医院，原广州军区总医院，三级甲等大型综合性医院，始建于1933年。医院整体实力雄厚，诊疗技术精良，形成了院有优势、科有特色、人有专长的技术格局。以全军、广东省和军区专科中心为依托，打造了骨科、神经外科、心脏外科、呼吸内科、泌尿外科、整形外科等一批军内外领先的强势学科，伽玛刀治疗数量被国际伽玛刀协会认定为全球第一。
自2018年11月起，广州军区总医院更名为中国人民解放军南部战区总医院（原广州军区广州总医院）。
7.广州军区武汉总医院与原武汉161医院合并组成中部战区总医院
中国人民解放军中部战区总医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、急救为一体的大型综合性军队医院，坐落在风景优美的洪山脚下。医院先后被评为三级甲等医院、爱婴医院、全国百佳医院、全军为部队服务先进医院，是湖北省（武汉市）城镇职工基本医疗保险定点医院、湖北省新型农村合作医疗省级定点医院、武汉市新型农村合作医疗市级定点医院、武汉市生育保险定点医院、湖北省大学生医保定点医院、“中国红十字基金会”天使阳光基金定点医院。
8.成都军区成都总医院改称为西部战区总医院
9.成都军区昆明总医院改称为解放军联勤保障部920医院。
坐落在四季如春的昆明市，与长联犹在壁的大观楼毗邻，是一所大型综合性医院。全院占地18.8万多平方米，建筑面积9万多平方米，布局合理，环境优美，鲜花盛开。
10.兰州军区兰州总医院改称为解放军联勤保障部940医院。
解放军联勤保障部队940医院是一所具有光荣传统的军队综合性医院。1939年创建于延安，前身为“八路军军医院”，曾命名为“白求恩国际和平医院总院”。经过60多年的建设和发展，已成为西北地区一所集医疗、科研、教学、保健为一体的大型综合性医院。医院现有创伤骨科、泌尿外科、血液病科、计划生育优生优育4个全军中心，1个全军药理基地（2004年该基地被批准为国家药品临床研究基地），9个军区专科中心，16个博士、硕士研究生联合培养点。
11.兰州军区乌鲁木齐总医院，2016年隶属陆军建制，又改回新疆军区总医院。
新疆陆军总医院，位于新疆乌鲁木齐市友好北路，内设全军骨科中心、全军临床检验中心、全军计划生育优生优育指导中心、全军医药卫生二级科技查新站，以及兰州、新疆两级军区和新疆维吾尔自治区的一大批重点专科中心、研究所，是第四军医大学，新疆医科大学、石河子大学医学院的教学医院和硕士生培训点。年平均门诊病人为46万人次，收治病人23000人次。
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